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こんにちは、ヤンペンです。
あれよあれよという間にUnity2018.3がリリースされましたね。
今回のバージョンアップの目玉の一つであるNested Prefabのことを学ぶためにYoutubeでBrackyさんのNew Prefab Workflowsで学んでいたときに問題は発生しました。
表示されたエラーの内容がこちらです。

Unity Package Manager Error。
project manifestのupdateに失敗したようでした。Retryボタンを押してもうまく解決できませんでした。
こちらの情報を参考に、問題を解決することができました。
以下、手順です。
試した環境[Unity2018.3.0f2 mac]
手順
Unityを終了する
ProjectSettingsフォルダにあるProjectVersion.txtを削除する

Unityでそのプロジェクトを開きなおす
これで問題解決しました!
他のMacで同じ環境で試したところ、この問題は起こらなかったので、原因がいまいちよくわからなかったです。
ちなみに今回のNested Prefabを学ぶのにつかったBrackyさんのチュートリアルはこちらです。
(Brackyさんのチュートリアル動画は短い時間でわかりやすいので超オススメです。)